در فضای ترس و التهاب ناشی از لشکرکشی‌های امریکا به منطقه که سراسر وجود سردمداران اصلاحات را فراگرفته بود، دوم خردادی‌ها درصدد چاره‌جویی برآمدند و نتیجه این همه جز نامه ننگین ۲۰۰۳ نبود.وقتی اصلاح‌طلبان آرزو می‌کردند که ای کاش غول چراغ جادو معجزه بزرگ رابطه با امریکا را حل کند، شاید در خواب هم نمی‌توانستند ببینند روزی را که این چنین پرده برافتد و اسرار مگو فاش شود. سفر مخفیانه دیک چنی به ایران و ملاقات‌های مخفیانه با او، دیدار اصلاح‌طلبان با جان کری و نامه‌نگاری‌های پشت پرده اصلاح‌طلبان با کاخ سفید همه و همه واگویه‌ای از رازهای سر به مهری بود که احتمال افشایشان به کابوسی برای کشتی‌نشینان اصلاحات بدل شده بود.
دیک چنی معاون وقت رئیس‌جمهور امریکا بود و سفرش معنای خاصی داشت؛ سفری که بدون اطلاع مقامات جمهوری اسلامی و به بهانه قرارداد نفتی برای رایزنی‌های پشت پرده صورت پذیرفت. سیروس ناصری نایب رئیس هیأت مدیره و مدیرعامل شرکت اورینتال کیش و دیک چنی معاون رئیس‌جمهور امریکا، دو نفر اصلی زمینه‌ساز قرارداد نفتی هالیبرتون- اورینتال در ایران بودند. سفر چنی به ایران در سال ۷۹ که برای آماده‌سازی قراردادهای نفت و گاز در ایران صورت گرفت، تا مدت‌ها محرمانه باقی ماند. در همین سفر محرمانه بود که دیک چنی به علت عارضه قلبی، حتی چند روزی را میهمان یکی از بیمارستان‌های تهران بود.
مقام معظم رهبری بعدها در سال ۱۳۸۵ در جمع مردم گرمسار از این سفر محرمانه سخن به میان آوردند. ایشان ضمن اشاره به دیپلماسی فعال دولت نهم فرمودند: «بحمدالله پایگاه سیاسی کشور و منزلت اجتماعی ملت ایران در جهان افزایش پیدا کرده است. قبل‌ها، دشمنان ما خیال می‌کردند زمینه را فراهم کرده‌اند یا فراهم خواهند کرد و با یک حرکت دست، می‌توانند کشور را از این رو به آن رو کنند. امریکایی‌ها این حرف را گفتند. چند سال قبل از این، عده‌ای از سیاسیون امریکایی به طور محرمانه و مخفیانه ـ ما مطلع نشدیم، بعد که برگشتند مطلع شدیم ـ به ایران آمده بودند و با بعضی از محافل نامساعد با نظام نشست و برخاست کرده بودند؛ وقتی رفتند گفتند در ایران کسانی هستند که منتظر یک اشاره ما هستند تا علیه نظام شلیک کنند. امروز حقیقت برای آنها روشن شده است.
نه فقط نمی‌توانند سلطه پیدا کنند، حتی لطمه هم نمی‌توانند بزنند. ملت بیدار و متحد است. ما دل‌هایمان به هم نزدیک است. ملت به مسئولان خود اعتماد دارد؛ می‌داند که آنان آنچه می‌کنند و آنچه می‌گویند، برای شخص، برای قدرت و برای زر و زور نیست. با نگاه باز نیازها و مصالح کشور مشاهده می‌شود و مردم هم تشخیص می‌دهند.»
ماجراهای اصلاح‌طلبان البته فقط در همین حد نبود. سال ۸۲ علی امامی‌راد نماینده گرمسار در مجلس ششم در نطقی به این سفر محرمانه و موضوعات قابل توجه دیگری اشاره کرد. او گفت: «… سخنان مغز معیوب اصلاحات در حمایت از امریکا به عنوان ناجی و پرچمدار آزادی و دموکراسی در جهان، اباطیل رضا خاتمی نایب رئیس مجلس در کنگره پنجم مشارکت علیه امام(ره) و امنیت کشور، اظهارات غیرمسئولانه مشکوک تاج‌زاده درخصوص اجماع جهانی به منظور برگزاری انتخابات امریکاپسند در ایران، سفر مقامات ارشد احزاب نامشروع مجاهدین و مشارکت به قبرس، ژاپن، یونان و سایر کشورهای اروپایی جهت ملاقات سناتورهای صهیونیستی و مقامات ارشد سازمان سیا، حضور دیک چنی در ایران، ملاقات با افراد مشکوک اجنبی و سران صهیونیست رژیم امریکا در مرکز پژوهش‌های مجلس، ساختمان مقابل بیمارستان دی و سایر اماکن پیدا و پنهان، همنوایی عوامل امریکا و صهیونیست‌های مقیم مجلس در برخورد با منافع ملی و نهادهای حافظ نظام از جمله سپاه پاسداران در نطق‌های پیش از دستور، ورود چمدان‌های دلار و سایر کمک‌های مستقیم و غیرمستقیم به عنوان حمایت از مطبوعات، مؤسسات نظرسنجی و انتخابات از خارج از مرز، هماهنگی و همراهی با اپوزیسیون خارج از کشور برای انتخابات آینده و آنچه این روزها از مردم و مطبوعات شنیده و خواسته می‌شود و تاکنون هم تکذیب نشده است و خلاصه گفتار، رفتار و کردار ورشکستگان سیاسی و کوتوله‌های تازه به دوران رسیده حکایت از توطئه‌ای به عمق براندازی دارد.»
اما شاید اوج این همه نامه موسوم به نامه ۲۰۰۳ باشد. نامه‌ای بدون امضا که از طریق سفارت سوئیس برای مقامات امریکایی ارسال شد و حرف و حدیث‌های زیادی را نیز با خود به همراه داشت.
حمله به عراق و افغانستان رقم خورده بود و اصلاحات عقب‌نشینی‌های پی‌درپی در مسئله هسته‌ای را تجربه می‌کرد. در فضای ترس و التهاب ناشی از لشکرکشی‌های امریکا به منطقه که سراسر وجود سردمداران اصلاحات را فراگرفته بود، دوم خردادی‌ها درصدد چاره‌جویی برآمدند و نتیجه این همه جز نامه ننگین ۲۰۰۳ نبود.
مطابق آنچه بعدها «دنیس راس»، مشاور ارشد جورج بوش پدر و پسر، فرستاده ویژه کلینتون در مسائل خاورمیانه و مشاور خارجه باراک اوباما طی مقاله‌ای در مجله نیوزویک به چاپ رساند، صادق خرازی مسئول نوشتن نامه به امریکایی‌ها شده بود و او خود نامه را تنظیم کرد. مطابق آنچه «تریتا پارسی» رئیس شورای ایرانیان امریکایی‌تبار موسوم به «نیاک» افشا کرد این نامه بعد از مشورت‌های طولانی صادق خرازی با سیدمحمد خاتمی نوشته شده است.
در این نامه عقب‌نشینی‌های غیرقابل انتظاری صورت پذیرفته بود و عملاً فلسطین و لبنان نیز به امریکا فروخته شده بود. مطابق آنچه در این نامه ذلت‌بار آمده بود، در ازای «خروج نام ایران از محور شرارت» و «فروش قطعات هواپیما به ایران» از سوی امریکا، ایران متعهد می‌شد فعالیت‌های هسته‌ای خود را شفاف کند و از خلع سلاح حماس و حزب‌الله حمایت کند.
این همه در حالی بود که ایران به صورت داوطلبانه اجرای پروتکل الحاقی را پذیرفته بود. اجرای پروتکل زمینه‌ساز بازدیدهای متعدد و گسترده بازرسان آژانس از تأسیسات هسته‌ای ایران را فراهم آورد. در واقع مطابق با این پروتکل آنها می‌توانستند هر نقطه‌ای را که مناسب بدانند برای بازرسی انتخاب کنند و بدون ممانعت ایران نسبت به بازدید از آن اقدام نمایند. سیاست تنش‌زدایی اصلاحات پایانی نداشت.
نامه جنجالی ۲۰۰۳ دولت خاتمی به امریکا، به واسطه‌گری «تیم گولدیمن» سفیر وقت سوئیس در تهران از طریق «باب نی» نماینده حزب حاکم جمهوریخواه و عضو سابق کنگره امریکا برای «روو» مهمترین مشاور جورج بوش ارسال شده بود. «تیم گولدیمن» سفیر سوئیس در تهران، «باب نی» را برای انتقال پیشنهاد مذاکره ایران به کاخ سفید برگزیده بود، چون می‌دانست نماینده سابق ایالت جنوبی اوهایو تنها نماینده‌ای است که در کنگره امریکا به زبان فارسی آشنایی دارد و بویژه به موضوعات مرتبط با ایران علاقه‌مند است. گفته می‌شود گولدیمن پیش‌تر نیز به ایرانیان برای نگارش متن پیشنهادی کمک کرده است!
در آغاز نامه از زبان گولدیمن نوشته شده بود: «بعد از صحبت کردن درباره این مسئله با صادق خرازی، من فهمیدم که آنها می‌خواهند مطمئن بشوند که اگر در مرحله اولیه همه‌چیز به هم خورد، قرارهایی که گذاشته‌اند و شرایط جدیدی که گذاشته‌اند افشا نشود چون نمی‌خواهند مشکل داشته باشند. به هرحال من این موضوع را به طور شفاف فهمیدم که دولت ایران می‌خواهد این مسئله را به صورت جدی با امریکا حل کند.»
طی این نامه ایران تضمین‌های زیادی به امریکا می‌داد. در متن نامه آمده بود:
ایرانی‌ها باید از لحاظ امنیتی اطمینان کامل بدهندکه ایرانیان هیچ طرحی و برنامه‌ای برای ساخت
(wmd سلاح‌های کشتارجمعی) ندارند. همکاری کامل با آژانس (IAEA) براساس اجازه ایرانی‌ها بر تمام (۲+۹۳ و تمام عهده‌نامه‌های آینده آژانس)
تروریسم:
برخورد قاطع علیه هرگونه عمل تروریستی در خاک ایران، همکاری کامل و تبادل اطلاعات مربوط به این موضوع.
عراق:
هماهنگی ایرانی‌ها برای برقرار کردن امنیت در عراق و تأسیس یک عراق دموکراتیک و دولت دموکراتیک که متشکل باشد از تمام گروه‌های مذهبی و قبایل در عراق.
خاورمیانه:
۱- قطع هرگونه کمک مادی به فلسطینی‌ها (حماس، جهاد و…) از طرف خاک ایران و اجبار این گروه‌ها که اقدامات خونبار را قطع کنند علیه مردمی که در مرزهای ۱۹۶۷ قرار دارند.
۲- کاری کنند که حزب‌الله یک گروه سیاسی- اجتماعی در لبنان شود.
۳- قبول ۲ راه امریکا

در مقابل نیز امریکا تعهداتی می‌داد:
امریکا حمایت‌هایی که برای تغییرات سیاسی به طور مستقیم در حال انجام است، دیگر انجام ندهد.
لغو تمام تحریم‌های تجاری، پول‌های بلوکه شده و لغو دست یافتن به WTO
عراق:
تعقیب و پیگرد منافقین، حمایت از بازگرداندن اعضای منافقین به ایران، حمایت از برگرداندن ایرانی‌هایی که در عراق هستند. ترکیه به شمال عراق حمله نکند.
احترام گذاشتن به آداب و رسوم ایرانیان و احترام گذاشتن به روابط مذهبی دیرینه ایران و نجف و کربلا.
دست یافتن به انرژی صلح آمیز هسته‌ای، فناوری زیست شناسی و فناوری‌های شیمیایی.
قبول کردن ایران به عنوان کشوری که حلال مسئله امنیتی منطقه است با احتساب میزان دفاعی که می‌تواند از خود کند (منظور پیشرفت‌های نظامی که ایران داشته است.)
متن نامه آنقدر ساده انگارانه بود که بعد از انتشار عمومی آن واکنش‌های قابل توجهی را در میان سیاسیون موجب شد. نخستین بار ۲۵ سپتامبر سال ۲۰۰۶ (۵ مهر ۸۵) بود که شبکه چهار رادیو بی.بی.سی از ارسال نامه دولت خاتمی خبر داد. در گزارش رادیو بی.بی.سی به زمینه‌های ارسال این نامه نیز اشاره شده بود. «آوریل ۲۰۰۳ میلادی، در شرایطی که تانک‌های امریکایی در خیابان‌های بغداد حرکت می‌کردند، این نگرانی در تهران شدت می‌گرفت که شاید پس از عراق نوبت ایران باشد.»
دولتمداران اصلاح طلب اگرچه نخست ترجیح دادند در مقابل این خبر سکوت کنند، اما کمی بعد تکذیب‌ها آغاز شد و در همین میان محمد حسین عادلی که در آن زمان معاون وزیر امورخارجه ایران بود، طی مصاحبه‌ای با بی.بی.سی اصل نامه را تأیید کرد و گفت: «آن نامه برای امریکایی‌ها فرستاده شد تا نشان دهد که ما آماده گفت‌وگو و حل معضلات هستیم. این اقدام در راستای سیاست‌های محمدخاتمی بود که می‌خواست همه راه‌های مسالمت‌آمیز را بیازماید.»
صادق خرازی سفیر وقت ایران در پاریس و از نزدیکان محمد خاتمی نیز در جلسه بررسی سیاست خارجی دولت هشتم در بنیاد باران گفت: «ما برای اعتمادسازی اقدام به نگارش این نامه کردیم.»
او افزود: «در سال ۲۰۰۳ دیوار بی‌اعتمادی بلندی میان ایران و امریکا وجود داشت و هر لحظه ممکن بود امریکا به ما حمله کند(!). به همین خاطر به پیشنهاد من دولت هشتم نامه‌ای به امریکا نوشت و همراهی‌اش با برخی سیاست‌های خاورمیانه‌ای امریکا مثل سازش در فلسطین و لزوم تبدیل حزب‌الله لبنان به یک حزب سیاسی و شفاف سازی فعالیت‌های هسته‌ای ایران را اعلام کرد.»
خرازی همچنین تصریح کرد: «اما دیوار بی‌اعتمادی میان ایران و امریکا به قدری بلند بود که امریکایی‌ها حتی نامه را بررسی نکردند.»
گفته می‌شد انتشار این نامه در راستای رقابت‌ها و اختلافات دموکرات‌ها و جمهوریخواه‌ها صورت پذیرفته است. انتشار این نامه به همان میزان که برای اصلاح طلبان در ایران گران تمام شد، برای جمهوریخواهان نیز مایه ننگ شد. پارسی در همین خصوص و با بیان این که انتشار پیشنهاد مذاکره ایران جنجال و اختلاف‌نظر گسترده‌ای میان دولت بوش و منتقدانش در داخل و خارج از کنگره را برانگیخت، می‌گوید: «افشای هویت «روو» به عنوان دریافت کننده این پیشنهاد بر نگرانی‌ها و تنش‌های موجود در خصوص این که چه افرادی از دولت بوش در ارتباط با این موضوع نقش داشته‌اند را شدت بخشید.»
کاندولیزا رایس وزیر امورخارجه امریکا هنگام شهادت در برابر کنگره، مشاهده پیشنهاد ایران را در سال ۲۰۰۳ رد کرد و علاوه بر آن «فلاینت لورت» یک مسئول سابق در وزارت امورخارجه امریکا را به خاطر مطلع نکردن فوری وی از این موضوع در آن هنگام مورد سرزنش قرار داد و این همه نشان از آن داشت که باز این اتهام برای رایس و جمهوریخواهان قابل پذیرش نبوده و نیست.اظهارات رایس واکنش فلاینت لورت را نیز به دنبال داشت. لورت در کنفرانسی که در مقر کنگره درخصوص روابط امریکا و ایران و با حمایت بنیاد ساختار جدید امریکا (New America Foundation) و نیاک برگزار شد، در واکنش به انتقادات رایس با بیان این که غیرممکن است وزیر امور خارجه را درباره پیشنهاد ایران مطلع نکرده باشد، عذرخواهی وی را به دلیل این سرزنش خواستار شد.
اظهارات رایس در حالی بودکه روو و رایس هر دو در سال ۲۰۰۳ به همراه دیک چنی معاون ریاست‌جمهوری امریکا از چهره‌های نزدیک به بوش در زمینه سیاست خارجی به حساب می‌آمدند.
فلینت لورت که در زمان ریاست کاندولیزا رایس بر شورای امنیت ملی امریکا در این شورا فعالیت داشت، همچنین گفت: «مطمئنم که رایس و کالین پاول وزیر خارجه وقت امریکا در آن زمان از این پیشنهاد ایران مطلع بودند». لورت این پیشنهاد را «تلاش جدی ایران برای فراهم کردن زمینه نزدیکی ایران و امریکا » نامید و در ادامه مصاحبه با رویترز گفت: «کاندولیزا هفته گذشته به کنگره گفت از این پیشنهاد اطلاع نداشته، در حقیقت می‌خواسته کنگره را فریب دهد، زیرا من مطمئنم که وی از این پیشنهاد مطلع بوده است.» اظهارات لورت در حالی بود که رایس صراحتاً گفته بود: «من نمی دانم لورت درباره چه چیز صحبت می‌کند!»
اما پاسخ این نامه نیز درخور اهمیت است. لری ویلکینسون رئیس دفتر کالین پاول، وزیر خارجه وقت امریکا می‌گوید: «تنها چیزی که من دیدم گزارشی بود از این که چنین نامه‌های دریافت‌شده و پاسخی که از طریق مقام‌های سوئیسی برای ایران فرستاده شده است. پاسخی شبیه به این که چطور به خود اجازه می‌دهید چنین پیشنهاد «گستاخانه‌ای» بدهید.»
به دنبال آغاز برخی حرف و حدیث‌ها در مورد این نامه، روزنامه واشنگتن پست که حامی دموکرات‌ها
به شمار می‌آمد تصویری از نامه مورد اشاره را منتشر کرد. این در حالی است که گفته می‌شود ویرایش دومی از این نامه نیز در کتاب باربارا اسلوین وجود دارد.
اما این همه در حالی رقم خورد که رمضان زاده اصل نامه را انکار کرده و آن را ساخته و پرداخته مخالفان اصلاحات دانسته بود! او خط تبلیغاتی حامیان دولت به دلیل شکست سیاست‌های خود در عرصه سیاست خارجی(!) را دلیل انتشار اخباری درباره این نامه جنجالی عنوان کرده بود. با این وجود اکبر گنجی دیگر چهره‌ای بود که بر صحت این نامه تأکید کرد. او طی مقاله‌ای با عنوان «بررسی ساختار سیاسی ایران» به بررسی روابط ایران و امریکا پرداخت و با اشاره به شرایط مساعد زمان خاتمی برای تعامل با امریکا نوشت: «وقتی کلینتون برای دست دادن با خاتمی به سراغ او رفت، خاتمی آنقدر در دستشویی ایستاد تا او به دنبال دیگر کارهایش برود.»
گنجی همچنین با اشاره به جنگ‌های افغانستان و عراق تأکید کرد: «خطر حمله نظامی امریکا به ایران در دوره خاتمی هم بسیار بالا بود و اگر رئیس‌جمهور را مقصر بدانیم، رئیس‌جمهور آن دوره خاتمی بود نه احمدی‌نژاد.»او ادامه داد: «پس از حمله امریکا به عراق، صادق خرازی نامه‌ای بدون امضا (طرح مخفی ۲۰۰۳) به سفارت سوئیس در تهران تحویل داد. در این نامه امکان شناسایی اسرائیل از طریق پذیرش طرح ملک‌عبدالله، مهار سازمان‌های رادیکال منطقه و طرح امنیت منطقه‌ای در خلیج فارس پیشنهاد شده بود اما دولت بوش، سرمست از پیروزی در عراق، طرح ایران را نادیده گرفت و بوش سخنرانی محور شرارت را ایراد کرد.»
گنجی ضمن نقد رویکرد اصلاح‌طلبان افزود: «درخصوص مذاکره با امریکا به قصد حل مسائل فیمابین، هیچ اقدام جدی‌ای در دوران هاشمی و خاتمی صورت نگرفت. هاشمی رفسنجانی و سیدمحمد خاتمی که هر دو میانه‌رو و مدافع تنش‌زدایی با غرب و امریکا تلقی می‌شوند توان و جرأت «مذاکره رسمی و اعلام‌شده» با دولت امریکا را نداشتند.»
گفته می شود نسخه ویرایش شده و نیز نسخه ویرایش نشده نامه ۲۰۰۳ در کتاب اسلوین آمده است. تغییرات ظریفی که در متن این نامه پس از ویرایش‌های نهایی ایجاد شده، نشان می‌دهد در سال ۲۰۰۳ حکومت ایران تاچه حد برای تنش‌زدایی از رابطه خود با امریکا حاضر بوده است. خانم اسلیون می‌گوید به رغم فرصت‌های از دست رفته در سالهای بعد از ۱۱ سپتامبر، مقامات ایران و امریکا در این سالها چند دیدار مخفی در کشورهای اروپایی داشتند از جمله در آپارتمان شخصی اخضر ابراهیمی نماینده ویژه سازمان ملل در افغانستان یا در مقر سازمان ملل در ژنو. به گفته نویسنده، رایان کراکر سفیر وقت امریکا در عراق و زلمای خلیلزاد سفیر وقت امریکا در بغداد و چند مقام ایرانی ازجمله جواد ظریف در این گفت‌وگوها شرکت داشتند. سالها بعد «دنیس راس» مشاور جورج بوش پدر و پسر، فرستاده ویژه کلینتون در مسائل خاورمیانه و مشاور خارجه باراک اوباما مقاله‌ای در مجله نیوزویک به چاپ رساند که اشاره به ماجرای همین نامه داشت. این نامه در واقع سبب شده بود سردمداران امریکا دچار این توهم شوند که می توان ایران را مثل گذشته با فشارهای سیاسی عقب راند.
راس می نویسد: «تاریخ نشان داده ایران در مقاطعی در قبال فشار سیاسی بین‌المللی جواب دلخواه را داده است. برای مثال در سال ۲۰۰۳ پس از نابودی ارتش عراق توسط نیروهای امریکایی، دولت وقت از طریق سفیر سوئیس در ایران پیامی به واشنگتن ارسال کرد تا با این کار نگرانی‌های امریکا را درباره برنامه‌های تسلیحاتی تهران و حمایت ایران از حزب‌الله و حماس تا حدی تخفیف دهد.» او یاد‌آور می‌شود:«صادق خرازی، معاون وزیر امور خارجه دولت وقت که این پیام را تنظیم کرده بود، گفت بیم‌ها و هراسها آنها را مجبور کرد دست به این کار بزنند.» مشاور دولت بوش پدر و پسر و بیل کلینتون در امور خاورمیانه می‌افزاید: «اما برعکس، سال پیش که سازمان اطلاعاتی امریکا گزارشی راجع به ایران منتشر کرد، محمود احمدی‌نژاد رئیس‌جمهور دولت جدید ایران در اظهاراتی جنجالی گفت رویارویی با امریکا اثربخش است و امریکا از موضع خود عقب نشسته است.»
اما در سند دیگری که به نقل از دنیس راس پیش از این توسط منابع غربی منتشر شده بود، آمده است: «اول آوریل ۲۰۰۳ مباحثه طولانی‌ای با صادق خرازی که برای دیدنم آمده بود، داشتم و دوم مه نیز دوباره او را به مدت سه ساعت دیدم.» آنچه در نامه دولت خاتمی به جورج بوش به صراحت آمده است، تلاش این دولت برای اعطای برخی امتیازات در جهت «نزدیکی دو دولت» است. گویا قرار بوده در این راستا دیدارهای دیگر مانند کمال خرازی و زلمای خلیلزاد انجام شودکه با پاسخ سرد مقامات کاخ سفید ره به جایی نبرده است. آنچه اکنون می توان گفت آن است که دیگر بازگشت به تاریخ تلخ آن روزها ممکن نیست و به هیچ وجه نمی توان مدار سیاست خارجی را به موضع انفعال گذشته باز گرداند.